新型农村合作医疗的参合办理主要有三种方式：
1、乡、村干部上门集中收缴方式：农民持《新型农村合作医疗证》、《户口薄》到本村、组指定的地点办理参合登记，填写《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。
2、村集体经济代缴方式：鼓励村集体经济好的村，实行由村集体经济统一交纳参合资金。村负责人持新型农村合作医疗登记册、户口登记册到乡镇新农合经办机构填写、汇总《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。
3、农民主动到乡镇新农合经办机构缴纳方式：农民持《新型农村合作医疗证》、《户口薄》到乡镇新农合经办机构办理参合登记，填写《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。
